El objetivo del trabajo de investigación es someter a estudio un sistema de e-evaluación de los aprendizajes en enseñanza a distancia en el que, combinando un tipo de evaluación virtual pedagógicamente innovadora y el uso de aulas virtuales síncronas pueda acreditarse un modelo fiable y garante de evaluación de los procesos de enseñanza/aprendizaje para actividades de e-learning universitarias. Los escenarios de la investigación han sido un curso online de Especialista en Educación Secundaria dirigido a titulados universitarios españoles, portugueses y latinoamericanos, una asignatura de la titulación de psicopedagogía virtual de la Universidad de Extremadura y en dos cursos del plan de formación del profesorado de la misma Universidad. La metodología que hemos desarrollado es de corte cualitativo. Para su puesta en marcha se diseñó una investigación cuyos participantes han sido el profesorado y el alumnado protagonistas de la formación, así como evaluadores externos. Durante todo el proceso se han cuidado especialmente los aspectos relacionados con la credibilidad, transferibilidad, dependencia y confirmabilidad de los datos obtenidos, extrayendo de modo inductivo un sistema de categorías, sub-categorías y dimensiones que representan la evaluación de los aprendizajes en procesos formativos online. Los resultados confirman que se ha avanzado en la consecución de un modelo innovador de e-evaluación viable, eficaz y que garantiza su aplicación en enseñanza superior a distancia. Asimismo, el uso de videoconferencias y de las aulas virtuales síncronas para realizar entrevistas de e-evaluación ha resultado ser un instrumento eficaz en espacios virtuales de aprendizaje.