Analizar la influencia que posee la dimensión afectiva en el proceso de aprender y enseñar ciencias, en la eficacia docente y en el desarrollo del profesor de ciencias experimentales, es un ámbito de investigación importante en la formación de los profesores noveles. Primeramente, realizaremos un estudio para conocer las emociones experimentadas hacia las ciencias en Secundaria y sus posibles causas utilizando como muestra a alumnos de primero de Grado de diferentes carreras universitarias de la UEx. Seguidamente, procederemos a analizar las emociones experimentadas, tanto en el aprendizaje como en la enseñanza de las ciencias, de los estudiantes del Máster Universitario de Formación del Profesorado en Educación Secundaria de la UEx, futuros profesores de Educación Secundaria, de las especialidades de Biología/Geología, Física/Química y Matemáticas, durante tres cursos académicos consecutivos. Con los resultados obtenidos, diseñaremos y desarrollaremos un programa de seguimiento y apoyo a las prácticas docentes para estudiantes del Máster, con el que pretendemos determinar y mejorar las emociones en la enseñanza y el aprendizaje de asignaturas de ciencias de Secundaria, a través de la autorregulación y la mejora de creencias de autoeficacia docente. Los principales resultados muestran que: las emociones y las causas son diferentes según la materia a aprender; existe una relación entre las emociones experimentadas como aprendices de ciencias y los futuros itinerarios elegidos; los futuros profesores experimentan emociones positivas y negativas y bajas creencias de autoeficacia ante la enseñanza de las ciencias; las estrategias de autorregulación funcionan para fomentar emociones positivas y altas creencias de autoeficacia docente.