La aplicación de las técnicas de ingeniería a fluidos biológicos está suponiendo un gran avance para la medicina desde hace bastantes años. En la presente tesis doctoral, se ha empleado esta herramienta para realizar un estudio fluidodinámico en distintas estructuras humanas: (i) estenosis arteriales, (ii) vías aéreas y (iii) globo ocular. En cuanto a las estenosis arteriales, proponemos un método no invasivo para estimar la caída de presión a través de estenosis reales. El método CFD se usa cada vez con mayor frecuencia en el estudio de la deposición de fármacos en el tracto respiratorio. Para ello, se hace imprescindible disponer de una malla que permita obtener unos resultados numéricos fiables. Dichas mallas suelen estar formadas por un número elevado de celdas que requieren un tiempo de computación elevado. En este trabajo, presentamos una combinación de algoritmos de mallado de un software comercial que reducen el tiempo de computación, sin perder precisión en los resultados. Por último, se analiza la influencia de la presencia de lentes intraoculares en la dinámica del humor acuoso. Concretamente, se han estimado el daño endotelial y la alteración en el transporte de nutrientes por el humor acuoso, provocados por la colocación de este tipo de lentes.